Existem duas maneiras principais de fazer isso.
Um é adicionar um link ao seu menu Iniciar em Programs -> Startup
O outro envolve um pouco de edição do registro: Adicionar uma referência ao aplicativo em HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Você pode usar este arquivo .reg como uma maneira conveniente de fazer alterações em seu registro:
Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run] "uTorrent"="\"c:\Users\otac0n\Downloads\utorrent.exe\""
Basta colar isso em um arquivo (chamado "uTorrent.reg" por exemplo) e clicar duas vezes nele para importar.