Teve problema semelhante. Estou hospedando meus repositórios git em um servidor windows executando o cygwin sshd. No meu caso, descobri que meus repositórios git são exibidos em um local de rede e tive que editar as configurações de segurança do Windows no mapeamento de rede (meu computador - > Locais de rede - > clique com o botão direito no mapa de rede).
Eu tive que permitir o controle total do grupo Everyone (o que obviamente não é muito ideal), mas como somos apenas uma pequena equipe de desenvolvimento e essa é uma rede interna, achamos que é uma solução temporária aceitável