$ MFT (tabela de arquivos mestre) é o nome do arquivo em si. Ele armazena a cópia principal da tabela do sistema de arquivos em sistemas de arquivos NTFS.
Seu problema provavelmente é causado pelo fato de o hardware USB ter sido desligado no horário de hibernação e ligado demais no início. Uma solução possível é verificar se há jumpers na placa-mãe que permitem alternar a energia USB de + 5V para + 5VSB (isso significa que o USB sempre permanecerá ligado quando você desligar o computador de dentro do sistema operacional). A desvantagem disso é que seu dispositivo também pode ser deixado sempre ligado.
Outra solução seria simplesmente desconectar (ou desligar) o disco rígido externo antes de hibernar (não a melhor opção, eu sei, mas pelo menos você não obterá mais o erro)