Não há uma maneira fácil de fazer isso ou um aplicativo que forneça a funcionalidade de que você precisa. A direção que eu tomaria é escrever um pequeno script AutoIT com um loop infinito, tornando a janela constantemente ativa.
Exemplo 1
While 1
For $i = 1 To 100
WinActivate("[CLASS:Notepad]", "")
Next
Sleep(100)
WEnd
* Este exemplo manterá a classe de janela "Notepad" continuamente ativa, mesmo se o botão show desktop for clicado WinActivate foca na janela especificada. Eu adicionei um sono de 100MS para não usar 100% de uso da CPU.
Dependendo do idioma usado para criar o aplicativo que não se esconderia em "show desktop", pode-se ligar o evento form_resize (In VB6 Language) e, se acionado, mostrar a janela do aplicativo conforme isso é acionado no win + d ou "Show Desktop".
Gostaria apenas de criar um pequeno script no Autoit (a solução mais fácil).
Boa sorte
EDIT: Como "Bavi_H" sugerido, também é possível definir continuamente o estado "Window" como "Restaurado" substituindo o seguinte
WinActivate("[CLASS:Notepad]", "")
PARA
WinSetState("[CLASS:Notepad]", "", @SW_RESTORE)