Abra o editor de registro do Windows e vá para a chave HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\GitKraken\command .
O valor padrão será definido para algo como:
"X:\Users\username\AppData\Local\gitkraken\update.exe" --processStart=gitkraken.exe --process-start-args="-p %L"
Mude o último parâmetro de %L para %V , ou seja, o comando deve ser:
"X:\Users\username\AppData\Local\gitkraken\update.exe" --processStart=gitkraken.exe --process-start-args="-p %V"