Infelizmente, até o momento, parece haver não caminho para tornar o Chrome lembre-se da ordem dos ícones de extensão. Você pode tentar desativar as extensões e ativá-las na ordem que precisa ser mostrada na barra de ferramentas, mas isso raramente funciona.
A edição de desenvolvimento do Chrome 5.0.322.2 permite que você reordene as extensões arrastando.