Experimente o Ubuntu Tweak .
Descrição dos recursos do Ubuntu Tweak em seu site:
At present, It is only designed for Ubuntu GNOME Desktop, and often follows the newest Ubuntu distribution.
* View of Basic System Information(Distribution, Kernel, CPU, Memory, etc.)
* GNOME Session Control
* Auto Start Program Control
* Qucik install common usded applications
* A lot of third-party sources to keep application up-to-date
* Clean unneeded packages or cache to free the disk space
* Show/Hide and Change Splash screen
* Show/Hide desktop icons or Mounted Volumes
* Show/Hide/Rename Computer, Home, Trash icon or Network icon
* Tweak Metacity Window Manager’s Style and Behavior
* Compiz Fusion settings, Screen Edge Settings, Window Effects Settings, Menu Effect Settings
* Set the Shortcuts to let qucikly access your favourite applications
* GNOME Panel Settings
* Nautilus Settings
* Advanced Power Management Settings
* System Security Settings
Você também deve olhar para o deborphan e debfoster pacotes que ajudam você a se livrar de pacotes que não são mais necessários.
Editar: Link para minha resposta a uma pergunta semelhante, que tem exemplos de como debfoster e deborphan são usados na prática.