Eu acho que você está confundindo o desvanecimento da tela com a tela não sendo bloqueada. No momento em que você pressionar Ctrl + Alt + L ou Super + L , você tela já está bloqueada, mesmo que a tela leva um segundo para desaparecer como um "efeito cinematográfico". Eu verifiquei isso pressionando repetidamente Ctrl + Alt + T logo após Super + L para tentar abrir tantos terminais quanto possível, mas, infelizmente, nenhum novo terminal foi aberto quando mais tarde destranquei minha tela para verificar.
Nota: Parece que a tela no Flashback do GNOME (Metacity) não desaparece. Em vez disso, depois de ser bloqueado, ele fica ligado por um segundo e depois fica preto. No entanto, a tela ainda está bloqueada, mesmo que persista por um segundo.