Lendo o código no github, encontrei um problema que sugeria a solução.
Aqui está a linha de comando que acabei usando
uwsgi --log-date="%Y:%m:%d %H:%M:%S" --logformat-strftime --logformat="%(ftime) %(addr) (%(proto) %(status)) %(method) %(uri) : Retned %(size) bytes in %(msecs) msecs to %(uagent)" --http :9090 --wsgi-file foo.py
Não há virtualmente nenhuma maneira que eu poderia ter vindo com isso lendo os documentos. Ele requer todas as 3 opções (não tenho certeza se a ordem é importante) e o uso de (% ftime) que NÃO é mencionado na página de documentação do formato de log, apenas no log de alterações de uma das versões.
Não parece possível obter os milissegundos na linha de log