O arquivo ~/.bash_history
só é atualizado quando você fecha / sai do terminal. Enquanto estiver no terminal, você pode navegar para trás nos comandos que foram inseridos nessa sessão. Então, se você sair dessa sessão de terminal, seu histórico será atualizado com o comando ausente.
Além disso, se você colocar um espaço no início de uma linha, antes do comando, esse comando não será salvo no histórico. Essa é uma boa prática se você emitir um comando que não deseja incluir no histórico.