Se você tiver pulseaudio na sua máquina, tente configurar o Skype para usar o pulso de acordo com as instruções no wiki pulseaudio . Se isso não funcionar, consulte a Solução de problemas do Skype da documentação da Comunidade do Ubuntu.
Aqui está um post no fórum skype que pode ser de interesse: Skype travar ao ligar ou ir para a opção & gt som
Eu experimentei algo similar. Da próxima vez que o Skype parar de responder, abra a página Opções-> Dispositivos de som e veja se é possível reconfigurar os dispositivos. Eu acho que isso é um problema comum com o Skype no linux.