Eu tive o mesmo problema com o Notepad ++ Versão 6.7.5.
Primeiro tentei atualizar via Plugin Manager, mas isso só atualizou o Compare Plugin para a versão 1.5.6 e ainda não estava funcionando.
Depois disso, comecei a trabalhar instalando manualmente o Compare Plugin Version 1.5.6.2 (Download: link ). Basta copiar o "ComparePlugin.dll" para o diretório "C: \ Arquivos de Programas (x86) \ Notepad ++ \ plugins".
Agora as alterações de linha são destacadas corretamente novamente. (veja também: link )