Se você estiver usando o desenvolvedor "Câmera", a Shotwell extrai o JPEG incorporado do arquivo RAW e o coloca ao lado do arquivo. Este JPEG é então usado para exibir a foto RAW.
Houve alguma tração ao alterar esse comportamento para exibir o JPEG incorporado sem extraí-lo. Veja este ticket para mais informações: O desenvolvedor da Camera RAW desperdiça espaço em disco extraindo JPEGs incorporados
Edit: Parece que este bug foi resolvido; bugs relacionados a shotwell estão aqui: link