Esse erro é visto se nenhum DISPLAY
var estiver definido, você não conseguirá executar xterm
por esse motivo também. Nada a ver com a sua placa gráfica.
Corrija as configurações de DISPLAY
e tente novamente o pycharm.
A configuração DISPLAY
pode estar faltando porque você está tentando executar como root em vez de seu ID do usuário normal (supondo que você esteja executando o X como seu userid, e não como root)? Apenas um palpite ...