Crie um script executável e adicione-o aos aplicativos de inicialização, em vez da inicialização do protetor de tela; isso deve funcionar bem:
/usr/bin/gnome-screensaver &
sleep 1
/usr/bin/gnome-screensaver-command -l
Quando você adiciona gnome-screensaver-command -l
na inicialização, ele é executado quando o protetor de tela não é totalmente inicializado. Por causa disso, não funciona.