@Zoredache mencionou isso nos comentários sobre sua pergunta, mas deixe-me expandir um pouco sobre isso.
No mínimo, qualquer unidade deve ter cerca de 10% de espaço livre mínimo (20% se você tiver um sistema operacional na unidade), isso porque o sistema de arquivos precisa desse espaço extra para armazenar arquivos temporários e informações de diário para executar suas operações eficientemente.
Qualquer operação será reduzida exponencialmente se menos espaço livre disponível na unidade ultrapassar 10% e a desfragmentação for a operação com espaço livre mais intenso que você pode executar em uma unidade.
Nesta situação você precisa transferir os arquivos para outra unidade que seja grande o suficiente para mantê-los, então você pode expandir a partição de 50 gb para ~ 100 gb se você pretende continuar a adicionar arquivos a ele ou ~ 65-70 gb se você não fizer isso. Depois você pode mover todos os arquivos de volta.