Presumivelmente, o Okular se registrou como o "padrão" em algum lugar; onde e como depende do seu ambiente de trabalho.
Em qualquer caso, e supondo que você não deseje desinstalar o Okular, você pode apontar o Emacs para o visualizador de PDF de sua escolha fazendo M-x customize-variable RET org-file-apps RET
e escolhendo "Comando" como o tipo de valor para o cdr dos cons cell cujo carro é \.pdf\'
e definindo o valor para o comando que você deseja executar (nesse caso, evince
). Ou, se você definir org-file-apps
fora da personalização, basta substituir default
por, por exemplo, "evince"
, para executar esse comando; veja C-h v org-file-apps
ou M-x describe-variable RET org-file-apps RET
para mais detalhes sobre como definir esses valores.