É porque está usando a configuração padrão da notação de inflexão holandesa:
Alterations are made with different names: add -is for sharp, and -es for flat (these are Dutch note names, other languages are available). LilyPond figures out where to put accidentals.
Os -is e -es são para os estresses fonológicos relativos.
Se você quiser usar outro sufixo, poderá altere a configuração de idioma . Por exemplo:
\language "english"
Dessa forma, se você usasse o inglês, marcaria -s e -f para sharps e flats, respectivamente.