Ao usar rsync , parece que a opção -c ( --checksum ) não substitui a opção -t ( --times ) em -a ( --archive ), que usa -rlptgoD e, assim, ainda vai olhar para os tempos de modificação de arquivos.
Uma possível solução é usar: -rlpgoDc em vez de -a .
O comando ficaria assim:
cd Package_1.2
rsync -rlpgoDc --compare-dest=../Package_1.1 . ../changed_files/
find -depth ../changed_files -type d -empty -delete
Esta pode não ser a solução mais elegante, talvez alguém tenha uma idéia melhor de como rsync pode fazer todo o trabalho por si só.