Para o Vista e o mais recente, você precisa escrever seus próprios Provedor de Credenciais a ser mostrado na tela de login ao lado do login normal.
Para XP e versões anteriores, você precisa escrever um novo Interface GINA , isso em teoria poderia substituir totalmente o login antigo (e essa é uma das razões pelas quais o Vista e o mais novo não usam mais o GINA).
Qualquer conselho sobre como fazer qualquer um deles está fora do tópico para o Superusuário, você precisaria trabalhar nele sozinho e, quando ficar preso, perguntar no Stack Overflow sobre o problema específico você está criando sua própria implementação.