Existem algumas coisas a verificar:
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A máquina VirtualBox deve ter acesso à sua rede (ou vice-versa), ou seja, um aplicativo do Windows deve saber como chegar à sua VM. Se você configurar a rede como NAT no VirtualBox, isso não funcionará. Experimente a rede em ponte ou a rede somente de host.
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Se a rede funciona em geral, ou seja, sua máquina windows pode executar ping na VM (e talvez até acessar o servidor web), você deve se certificar de que o MySQL se expõe à rede externa - por padrão, somente o MySQL escuta em 127.0.0.1. Verifique a instrução
bind-address
em/etc/mysql/my.cnf
ou um arquivo de configuração semelhante no Ubuntu. -
Feito isso, você deve verificar se o telnet para o IP e a porta funciona na sua máquina Windows. Em caso afirmativo, o Komodo também deve funcionar, desde que você o tenha configurado corretamente.