Bem, se as legendas e suas distâncias internas estiverem corretas, embora com o tempo incorretamente escalado e talvez com um deslocamento constante, você só precisa de duas medições (em que vezes duas linhas separadas no arquivo .srt realmente ocorrem na tela) para decida o deslocamento da base e o deslocamento da escala (álgebra linear: para duas incógnitas você precisa de duas equações independentes).
O
link recebe dois tempos de entrada e redimensiona o arquivo .srt. É muito fácil calcular os offsets à mão, mas é bom ter ajuda para reescrever os tempos.
Dica: use a primeira e a última entrada de legenda como valores de medição para obter os melhores resultados.
Se os textos ainda não estiverem corretos, você tem subs para uma versão reduzida ou algo semelhante. Você pode usar a técnica acima em cada parte correspondente dos dois arquivos de vídeo, mas será mais trabalho. Provavelmente é melhor repetir manualmente cada uma das legendas.