Tente usar o git-annex & bup .
bup faz a coisa do rsync.
git-annex relaxa a exigência do git 'duplicate the lot'; para que você possa ter todos os dados do VirtualBox distribuídos em várias mídias de armazenamento e ter redundância de dados configurável por arquivo.
Ambos são scripts. Não há mais problemas de instantâneos.
Este link tem mais detalhes sobre git, git- anexo e bup.
What VirtualBox files do I need in version control besides the .vdi file?
Estou usando uma versão * pré-oracle do VirtualBox. Para minha versão antiga: além dos arquivos vdi, também mantenho todos os arquivos de configuração do vbox; então é todo o xml sob o diretório /machine/
& também o arquivo principal VirtualBox.xml
.