Você ficará bem. Eu tenho o servidor 2008 R2 em menos software.
No que diz respeito a VMs hospedadas, a única consideração que eu realmente dou pausa é quando o sistema operacional filho (servidor 2008 R2 nesse caso) causará muita atividade de disco.
Paradroid traz um bom argumento, mas acho que ele estava sendo muito amplo. É bom executar um controlador de domínio em uma VM. Onde você quer ser cuidadoso é quando você tem 2 controladores de domínio em duas VMs replicando uns aos outros.
O problema só aparece se você não desligá-los, mas sim hibernar / suspender as VMs. Quando você não desligá-lo, é possível, quando você os reinicia, que eles possam ser vistos como uma instância totalmente nova e não poderem entrar novamente no domínio, porque já existe outro servidor com o mesmo nome. Então você essencialmente tem que reformatar, porque desde que não pode voltar, você não pode rebaixá-lo. O outro controlador de domínio terá problemas iguais com as replicações.
O moral da história é não dormir / hibernar as VMs. Se você estiver com pressa, basta puxar o plugue nas VMs, em vez de emitir um desligamento. As chances de corrupção são muito menores do que dormir / hibernar.