Abra uma caixa de comando: assumirei D: é a letra da unidade, mas substitua a letra real no próximo comando.
Digite o seguinte comando:
convert D: /FS:NTFS
e aperte enter
Se isso não funcionar, abra o Gerenciador de discos, exclua a partição e recrie-a como uma partição primária e, em seguida, formate-a.