Isso é normal. Quando você adicionou o arquivo UserMapping , ele não ficou ativo imediatamente - você ainda estava vendo todas as permissões definidas pelas opções fmask / dmask mount.
Quando você reinicializou (ou mais precisamente, quando o sistema de arquivos foi montado novamente), o driver ntfs-3g encontrou seu arquivo UserMapping e alternou para o modo "Permissões NTFS", no qual as permissões mostradas em ls e usado pelo Linux são na verdade os mesmos que os usados pelo Windows. É impossível traduzir algumas combinações de ACL do NTFS para ACLs POSIX, mas os bits básicos de "leitura / gravação / execução" existem em ambos.
Em outras palavras, você está vendo todos os arquivos sendo executáveis porque eles são executáveis no Windows também . Este sempre foi o padrão, já que o Windows usa principalmente a extensão de nome de arquivo para arquivos executáveis.