Eu tenho exatamente o mesmo problema e tentei todas as opções, mas não posso parar isso. Parece apenas acontecer em notas que se originam fora da nossa rede de escritórios.
Você pode melhorar as coisas não tendo uma janela de visualização, portanto as notas não abrem automaticamente.
E eu descobri que, se eu clicar em Responder ou Encaminhar, todo o conteúdo da anotação será aberto no próprio Notes.
Descobri que a opção 'use embedded browser' não fez nada. Descobri que o Firefox pelo menos me deu a opção de abrir o arquivo .htm que tinha o conteúdo da nota. IE só me deu a opção de salvar esse arquivo. Mas eu não consegui impedi-lo de abrir a nota em um navegador externo. O navegador interno está lá, mas não é executado nesta situação.