Talvez isso ajude - no KeePass (estou usando v2.2, mas acredito que versões mais antigas o tenham) - vá para Tools - > Database Tools - > Delete Duplicate Entries - isso deve dar a você uma ficha limpa para começar (supondo que essa pergunta de 1 ano ainda seja relevante)
UPDATE
Eu verifiquei - exclui duplicatas exatas. Ele precisa que Title , User name , Password , URL e Notes sejam idênticos.
Presumo que, se você tiver propriedades personalizadas e definições de tipo automático, elas também terão que ser idênticas.
Isso pode ajudar você a remover algumas duplicatas, mas provavelmente não todas.