Não há complicações devido ao Boot Camp em si, já que é apenas outra partição na sua unidade. Uma recomendação pode ser CloneZilla se você quiser clonar o drive com as partições intactas. No entanto, tenho sido cauteloso com essa abordagem e, em vez disso, apresentarei um método mais manual, mas viável.
Basicamente, você irá clonar cada sistema operacional separadamente. Estas instruções no Caderno de revisão Fóruns funcionaram para mim no passado. Em poucas palavras:
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Use Winclone para criar uma imagem do seu Boot Camp instalação na sua partição OS X.
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Coloque sua nova unidade em um gabinete externo e formate-a como uma partição HFS + (Mac OS X Extended).
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Use SuperDuper! ou Carbon Copy Cloner para clonar sua partição OS X original (incluindo a nova imagem partiton do Windows) para sua nova unidade.
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Alterne as unidades e inicialize no OS X em sua nova unidade.
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Crie uma nova partição do Boot Camp no Utilitário de Disco.
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Use o Winclone para restaurar sua imagem do Windows nessa partição. Talvez seja necessário usar o disco de instalação do Windows para reparar o carregador de inicialização na partição do Boot Camp.
Acontece que o Winclone é descontinuado, mas ainda funciona bem. Qualquer ferramenta de clonagem de unidades do Windows também funcionaria (Acronis, Norton Ghost, etc.).