Eu me deparei com o mesmo problema. O Eclipse está procurando pelo javac e a versão atual não sabe como desvendá-lo.
Meu build.xml chama outros arquivos ant. Um trecho é assim:
<target name="MyProject">
<ant antfile="project.xml" target="${tgt}">
<property name="project_name" value="MyProject"/>
<property name="root_project_dir" value="${root_dir}/SubProj/src"/>
<property name="cvsroot" value="${cvsroot_SubProj}"/>
<property name="cvsmodule" value="${cvsmodule_SubProj}/src/MyProject"/>
</ant>
</target>
Eu adicionei uma tarefa javac entre as linhas </ant>
e </target>
:
<javac srcdir="${root_dir}/SubProj/src" destdir="C:\temp"/>
Isso deu ao Eclipse as informações necessárias: como localizar os arquivos de origem do SubProj. A tarefa javac indicou o diretório.
Infelizmente, o Eclipse também incluiu um SubProj.src nos nomes dos pacotes. Eu não sei como consertar isso além de Ctrl-1 no nome do pacote, mas isso atrapalha o CVS.