Isso acontece porque no Natty Mod4 / Super é um atalho para o painel do Unity. Você pode mudar isso no Compiz.
1) Instale Gerenciador de configurações do Compiz
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
2) Aberto:
ccsm
3) Vá para Unity e altere o atalho como quiser para liberar seu atalho:
Neste exemplo eu mudei de Super para Super + L
Agora, sua chave mod está livre para usar como quiser.