Você pode deixar sua propriedade do diretório $ HOME sozinha. Você não precisa configurá-lo para www-data. O que você faz tem que fazer é garantir que o Apache tenha permissões de execução em $ HOME e tudo acima dele. Então, você poderia fazer algo assim:
chmod 751 "$HOME"
sudo chmod 751 /home
No entanto, o fato de o $ HOME ser criptografado pode representar grandes problemas para o Apache, a menos que você possa de alguma forma configurar o Apache para usar a chave de decodificação adequada.
EDITAR:
Configurar permissões de execução em um diretório significa apenas que você pode acessar algo dentro do diretório se já souber o nome dele e se o que você está tentando acessar também tiver permissões corretas. Portanto, definir um x-bit global no $ HOME não é um risco de segurança muito grande, contanto que todos os outros arquivos tenham permissões razoáveis. Você pode querer olhar para o seu umask para ter certeza.