Isso é algo que seria tratado pelo Nautilus. Eu não o tenho instalado, então não posso verificar (atualmente executando o Xubuntu), mas eu não acredito que eles tenham implementado ainda. Eles estão trabalhando para adicionar esse recurso , e eu acredito < um elementar do Nautilus já o tem. Você também pode usar outro gerenciador de arquivos como o 4pane que já possui desfazer / refazer
Dolphin também tem desfazer / refazer