Acho que isso pode estar de alguma forma relacionado à execução de vários monitores. Eu tive uma situação em que as capturas de tela eram na maior parte pretas, mas uma pequena parte da janela que eu queria capturar ainda era visível, embora muito deslocada para um lado. É como se a funcionalidade de captura de tela não percebesse que o monitor externo tinha desconectado e estava tirando uma parte de um buffer de tela inativo. É possível que a alteração da resolução redefina isso.