Isso parece um pouco com o tipo de problema que eu costumava ter no Ubuntu. É basicamente assim: você define uma resolução no Xorg.conf, mas devido ao monitor enviar um sinal EDID ruim para a placa gráfica, a placa não consegue ler os parâmetros permitidos para o monitor, especialmente as taxas de atualização. Então o driver simplesmente padroniza para algum modo pré-definido, um tipo de menor denominador comum (my max res foi apenas 640x480! É por isso que eu não tenho certeza se é o mesmo) ao invés de usar o definido no Xorg.conf. Em seguida, ele também ignora tudo o que você define sobre resolução.
Eu não posso dizer se esse é o mesmo problema, mas vale a pena experimentar. Se não for, tente diagnosticar melhor. Vá para o arquivo de log do X.org (não sei onde ele está localizado no fedora, deve ser fácil encontrá-lo). Verifique se há algum aviso (linhas iniciando com (WW)) ou erros (linhas iniciando com (EE)) onde a própria linha diz algo sobre gráficos. Se você receber uma mensagem desse tipo, especialmente um EE, pesquise no Google, muitas vezes descobrirá que alguém encontrou uma maneira de solucioná-lo.
Se o seu problema for o mesmo que o meu, aqui está como corrigi-lo. Edite o Xorg.conf e coloque os valores corretos na seção Monitor. Algo assim: %código% Certifique-se de que Identificador seja igual à linha Monitor na seção Tela. Tenha cuidado com os valores. Os corretos devem estar listados no TFM do seu monitor, mas muitas vezes eles não estão lá. Google para eles, e se você não encontrá-los, tente usar os valores que alguém já tentou. Eu li os avisos de possíveis danos no monitor se você definir os valores muito altos, mas, na realidade, nunca leia alguém dizendo que isso aconteceu com eles (usei valores que encontrei na Internet também). Prossiga por sua conta e risco.
O que eu tive foi que definir as taxas para algo não suportado pelo monitor resultou em nenhum sinal sendo enviado para o monitor. Então, se você começar a mexer nele, você deve estar preparado para eventualmente substituir seu Xorg.conf de um backup sem poder ver nada se iniciado no modo normal (então você deve saber como usar o modo de recuperação ou como remoto no sistema de outro PC, ou seja capaz de arrancar a partir de outra instalação do sistema operacional que suporta o sistema de arquivos em sua partição fedora não-criptografada. E você deve fazer um backup!).
Boa sorte.