PuTTY é uma aplicação GUI, não uma aplicação de consola. Você não pode usar o redirecionamento de entrada / saída com um aplicativo GUI.
Não há como executar automaticamente um comando no servidor com o PuTTY através de uma conexão serial.
Embora você deva ser capaz de usar Plink (ferramenta de conexão de linha de comando do PuTTY) .
Plink é um equivalente do PuTTY, exceto que é um aplicativo de console, portanto você pode usar o redirecionamento de entrada / saída com ele:
commands.bat | plink -load i5IS-COM4
Embora o seu arquivo "bat" não seja realmente um arquivo em lote (que produziria os comandos para o dispositivo), mas um arquivo de texto que contém diretamente os comandos para o dispositivo, você deseja usar o conteúdo do arquivo. o arquivo como uma entrada, em vez de uma saída de sua execução:
plink -load i5IS-COM4 < commands.bat