Qual comando você está usando? Eu sou capaz de criar um arquivo tar de um diretório vazio muito bem:
[jnet@Stan tmp]$ mkdir test
[jnet@Stan tmp]$ tar -cf test.tar test
[jnet@Stan tmp]$ ls -lh test.tar
-rw-r--r-- 1 jnet wheel 10K Apr 20 21:58 test.tar