A maneira mais fácil de pensar é usar AutoHotKey para mapear o Win + Up e Win + Down diretamente para janela maximizar e minimizar. Ainda mantém as mesmas teclas de atalho, apenas muda ligeiramente a sua função.
Na verdade, o Lifehacker postou um script que simula a funcionalidade de teclas de atalho do Windows 7 aqui . Você deve ser capaz de usar isso como um modelo para corrigir seu problema (se nada mais).