Eu não acho que você possa mudar o tema da área de notificação ainda. No entanto, você pode fazer o download da fonte e brincar com as mensagens você mesmo (e se você adicionar suporte para temas, dê à Canonical sua fonte e veja se ela irá implementá-la).
Editar: Veja também o wiki sobre como mudar as coisas . (Obrigado a @ lvo ).