Não, o syskey está ativado por padrão começando com o Windows 2000 (se bem me lembro).
Você nunca percebe isso porque o modo padrão é simplesmente ocultar a chave de criptografia dentro da mesma seção de registro (que talvez tenha sido útil durante o primeiro mês, até que todos tenham percebido).
A única vez que você a verá completamente desativada será se você executar o Windows NT 4.