Assumindo o Linux e um moderno sistema de arquivos (seguro - apenas cresce os arquivos):
fallocate --length=1M yourfile
Sem fallocate (cria um arquivo esparso ao crescer; tenha cuidado com o tamanho):
truncate --size=1M yourfile
Sem fallocate (requer um sistema de 64 bits para arquivos com mais de 2 GB):
file="yourfile"
want=$(( 1 * 1024 * 1024 ))
size=$(stat -c %s "$file")
if (( want > size )); then
head -c $(( want - size )) /dev/zero >> "$file"
fi