Depende do que você entende por "melhor maneira". Puramente do ponto de vista de se livrar do velho lixo e malware, você não pode fazer nada melhor do que uma instalação limpa.
A opção Nothing da atualização do Windows 10 Escolha o que manter tela não mantém nada. Tudo será excluído, incluindo arquivos, aplicativos e configurações.