Sim, existe uma maneira de usar o layout personalizado do MSKLC no Windows 8.1. Não é mais do que uma solução alternativa, eu diria, mas funciona:
Vá para Painel de controle → Idioma → Configurações avançadas
Em Alternando métodos de entrada selecione Opções e Configurações avançadas de chave
Aqui você pode atribuir um atalho que ativa diretamente seu layout de teclado personalizado (em combinação com um idioma, portanto, se você quiser usar o mesmo layout com idiomas diferentes, precisará de um atalho para cada combinação para alternar entre eles) .
BTW: Eu suspeito que o motivo, por que algumas pessoas relatam que o MSKLC funciona com o Windows 8 é que eles têm apenas um layout de teclado ou um idioma instalado, de forma que o sistema use automaticamente o layout personalizado e, portanto, não há necessidade de todos do acima.