As legendas devem ser removidas automaticamente, a menos que você especifique para mantê-las.
-s "1,2,3,4,5,6"
deve ser genérico o suficiente na maioria dos casos para manter todas as legendas (faixa 1-6), você pode adicionar quantos números quiser, já que requisitar legendas não presentes não causa erros.
Existem mais opções, como "manter o idioma selecionado para áudio".
link
Para você, então, pode ser
./HandBrakeCLI -i DVD -o ~/Movies/movie.mp4 -e x264 -q 20.0 -a 1 -E faac -B 160 -6 dpl2 -R Auto -D 0.0 --audio-copy-mask aac,ac3,dtshd,dts,mp3 --audio-fallback ffac3 -f mp4 --loose-anamorphic --modulus 2 -m --x264-preset veryfast --h264-profile main --h264-level 4.0 -s "1,2,3,4,5,6"
para manter todos os subs.