(Esta resposta é mais um resumo do trabalho realizado nos comentários do post.)
Notificações são feitas com lentidão no Windows 8.1, mas eu aconselho a ainda verificar novamente todas as configurações e incluir suas capturas de tela na postagem.
Como as notificações de que você mais sentia falta eram do aplicativo de e-mail, você verificou e descobriu que o aplicativo foi configurado para mostrar notificações de e-mails de "pessoas favoritas", que você redefinir para mostrar notificações em todos os e-mails recebidos. Sua explicação foi que essa alteração foi causada pela Atualização 1 do Windows 8.1, e a redefinição desse parâmetro corrigiu o problema de notificações para e-mails.
Nas configurações do aplicativo do Facebook, você ativou todas as notificações (mesmo que isso seja um pouco exagerado), mas isso não ajudou. Como este aplicativo é notavelmente buggy, isso foi considerado um bug que pode ser corrigido em uma versão futura.
Meu último conselho foi manter o aplicativo do Facebook atualizado e reavaliar suas configurações após cada atualização, para ver se alguma nova configuração se tornou relevante. Espero que isso seja consertado no futuro.