Eu recebi o mesmo erro. Consegui limpar todas as coisas do apache e do php, mas não consigo instalar o libapache2-mod-php5 de volta. Me dá o mesmo erro:
Creating config file /etc/php5/apache2/php.ini with new version
ucfr: Corrupt registry: Duplicate entries for /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
dpkg: error processing libapache2-mod-php5 (--configure):
subprocess installed post-installation script returned error exit status 3
Errors were encountered while processing:
libapache2-mod-php5
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
O que eu fiz para resolver isso foi:
$ sudo nano /var/lib/ucf/registry
e remova linhas de php.ini duplicadas daquele arquivo. Não tenho certeza, foi uma coisa bonita de se fazer, mas ajuda.