(1) No Linux, você pode usar o rsync . Se ainda não estiver instalado, você deve baixar e instalar o rsync fazendo:
sudo apt-get install rsync
ou
sudo aptitude install rsync
de uma linha de comando.
Supondo que você tenha os diretórios 2007 e 2008 no mesmo subdiretório, você poderia usar o rsync assim, por exemplo, dentro desse diretório específico
rsync -rtpogv -clis -b --suffix=new 2007/ 2008/
Isso renomeia os arquivos no diretório 2008 que não estão em 2007 ou têm uma versão mais antiga no diretório 2007 para file.new
No entanto, antes de fazer isso, você pode usar o rsync com a opção -n como esta
rsync -rtpogv -clis -b --suffix=new -n 2007/ 2008/ &> rsync.log
e inspecione o arquivo de log para ver se tudo correu como você queria.
(2) Se você estiver no Windows, existe uma ferramenta chamada toucan que parece promissora para mim. mas eu não tentei este ainda. link