É mais provável que a transferência diminua temporariamente para permitir que o disco mais lento acompanhe as gravações / leituras.
Qualquer transferência só será executada tão rapidamente quanto o componente mais lento ... neste caso, provavelmente o disco do fuso do Windows.
Se você abrir o Performance Monitor e observar a atividade do disco no Windows, verá que o disco provavelmente está sendo martelado o tempo todo e quando o buffer de gravação é preenchido, o disco precisa ficar lento / parar de aceitar novos dados por alguns milissegundos. que pode recuperar.
A alteração do método de cópia não afetará muito nada - as transferências serão sempre tão rápidas quanto o componente mais lento, seja por unidade unc ou mapeada, linha de comando ou GUI.
Se a caixa do Ubuntu fizesse algum tipo de limitação, isso só aumentaria os atrasos devido à sobrecarga adicional de ter que calcular quando / se continuar a redefinir os limites de velocidade. Sua melhor aposta é apenas deixá-lo seguir em frente.