Você pode usar a ferramenta de linha de comando xrandr para definir modos
Supondo que você tenha seu segundo monitor conectado via VGA, seria assim
xrandr --addmode VGA1 1600x900
Agora selecione esse modo
xrandr --output VGA1 --mode 1600x900
Você pode querer verificar o manual para a sua configuração.
Veja como ficaria se você tivesse dois dispositivos HDMI
xrandr --output HDMI1 --mode 1600x900 --left-of HDMI2 --output HDMI2 --mode 1600x900
Para verificar quais dispositivos de saída você tem, basta digitar o seguinte em um terminal
xrandr