Durante um uso normal do disco rígido (cuja única finalidade é ler / escrever e manter os dados seguros) Você está fazendo a mesma coisa (leitura / gravação), como com a desfragmentação. Para discos rígidos típicos, isso não é verdade.
Mas para os Solid State Drives isso era verdade por causa da tecnologia específica (bem para a primeira geração), mas todos os principais fabricantes resolveram esse problema.
Assim, a desfragmentação deve aumentar o desempenho de alguns programas no seu sistema operacional, pois isso não danificará fisicamente o disco rígido.